Le Musée se trouve dans le bâtiment de la Bibliothèque Centrale Juive, l’un des rares éléments de culture juive survécus à la guerre, se trouvant à l’emplacement du ghetto. L’Institut Historique Juif abrite deux expositions permanentes: la première est consacrée à l’histoire du ghetto de Varsovie, la seconde est dédiée à l’art juif. La première, accompagné de la projection d’un film sur le ghetto (37 minutes, disponible en polonais, allemand, anglais ou hébreu) retrace l’histoire du quartier juif dès son implantation jusqu’à sa liquidation complète. L’exposition de l’art juif contient des objets d’art religieux et laïque - d’artisanat, de peinture et de sculpture tels que l’intérieur restauré de la synagogue du début du XIXème siècle.
Juste à côté, dans le Błękitny Wieżowiec (Gratte-ciel Azur), se déroulent des expositions temporaires. Le bâtiment a été dressé à l’emplacement de la plus ancienne synagogue de Varsovie – de la Grande Synagogue, qui fut détruite lors de la Seconde Guerre Mondiale.