Les circonstances de la construction de l’église paroissiale de Kazimierz Dolny restent floues. Les premières mentions connues sur la paroisse ont été faites dans des documents de la Chambre apostolique dans les années 1325-1328. L’ancienne église paroissiale, bâtie en calcaire, était bien plus petite que le temple actuel. Au tournant du XIVe et du XVe siècle la nef a été agrandie et une tour a été ajoutée au mur ouest. En 1561 un grand incendie a ravagé l’édifice qui demeurait en état de ruines pendant les 25 années suivantes, probablement en raison de pressions de la part de la famille protestante Firlej dont des membres remplissaient à cette époque les fonctions des starostes (maires) de Kazimierz. La reconstruction du temple a démarré en 1586 à l’initiative du curé Mateusz Bech, homme instruit et progressiste. Il a décidé de reconstruire l’église dans le style Renaissance. Les principales modifications architectoniques consistaient à augmenter la hauteur des murs, diminuer la superficie de la toiture et à construire une nouvelle voûte en berceau avec lunettes. La reconstruction du chœur a été confiée à l’architecte italien connu établi en Pologne, Jakub Balin. Les travaux ont été achevés en 1613.